%3 Yükümlülüğünde Muhasebe ve Kayıt Süreci: Adım Adım Rehber

Kısa cevap: Mali müşavir açısından %3 yükümlülüğü altı adımlı bir süreçtir: müşterinin yararlandığı indirim veya istisna tutarını tespit etmek, %3 tutarını hesaplamak, pasifte geçici bir hesaba almak, yönetim kurulu kararını hazırlatmak, yatırımı yıl sonuna kadar gerçekleştirmek ve belgeleri dosyalayıp payları aktifte izlemek. Geçici hesap için kullanılacak hesap uygulamada farklılık gösterdiğinden, tercih şirket bazında belirlenmeli ve belgelenmelidir.

Öne çıkanlar

• Ayrılan %3 tutarı gider değildir; pasifte geçici bir hesapta izlenir, yatırım yapıldığında alınan girişim sermayesi yatırım fonu (GSYF) payları aktifte finansal varlık olarak yer alır.
• Geçici hesap için hangi Tekdüzen Hesap Planı hesabının kullanılacağı konusunda uygulamada farklı tercihler bulunur.
• 2025 yılında yararlanılan teşvikler için yatırımın son günü 31 Aralık 2026'dır.
• Portföy taraması, teşvikten 5 milyon TL ve üzerinde yararlanan müşterileri erkenden ayırmanın en hızlı yoludur.
• Vergi Denetim Kurulu bu yükümlülüğü denetimde risk başlığı olarak ele alıyor; eksiksiz belge dosyası kritik önemdedir.

Mali müşavir %3 yükümlülüğünü hangi adımlarla yönetmeli?

Süreç, tespitten izlemeye uzanan altı adımdan oluşur ve her adımın somut bir çıktısı vardır. "Müşterilerinizin %3 yükümlülüğünü kontrol ettiniz mi?" sorusuna yanıt vermenin en pratik yolu, bu adımları her müşteri için aynı sırayla işletmektir.

• 1. Tespit ve portföy taraması. Müşteri portföyünüzde 5746 sayılı Kanun kapsamında Ar-Ge ve tasarım indirimi ya da 4691 sayılı Kanun kapsamında teknokent kazanç istisnası kullananları listeleyin. Yıllık beyanname üzerinden yararlanılan tutarı 5 milyon TL ve üzerinde olanlar kapsamdadır. Hızlı bir soru akışı için %3 yükümlülüğü kimleri kapsıyor kontrol listesini kullanabilirsiniz.
• 2. Hesaplama. Yararlanılan tutarın %3'ünü hesaplayın; sonuç yıllık 100 milyon TL ile sınırlıdır. Uygulamada personel ücretlerine ilişkin gelir vergisi stopajı teşviki ve SGK işveren payı desteği bu tabana dahil edilmez.
• 3. Geçici hesap kaydı. Tutarı pasifte geçici bir hesaba alın. Hesap tercihini müşterinin hesap politikasıyla uyumlu biçimde belirleyin ve yazılı hale getirin.
• 4. Yönetim kurulu kararı. Yatırım tutarını, aracı ve yetkili kişileri belirleyen kararın hazırlanması için müşteriye taslak sağlayın.
• 5. Yatırım. Tutar, geçici hesabın oluştuğu yılın sonuna kadar GSYF payı alımına, girişim sermayesi yatırım ortaklığı (GSYO) sermayesine veya kuluçka merkezlerindeki girişimcilere yatırılmalıdır. 2025 teşvikleri için bu tarih 31 Aralık 2026'dır.
• 6. Belgeleme ve izleme. Dekont ve pay teyidini dosyaya ekleyin, alınan payları aktifte finansal varlık olarak izleyin ve bir sonraki yılın döngüsünü takvime işleyin.

Takvim tarafını 31 Aralık 2026 yıl sonu takvimi yazımızda haftalara bölerek ele aldık.

Geçici hesap ve yatırım nasıl kaydedilir?

Ayrılan %3 tutarı gider olarak değil, bilançoda pasifte geçici bir hesapta izlenir; yatırım yapıldığında alınan GSYF payları aktifte finansal varlık olarak kaydedilir. Kayıt mantığı bu iki ilkeye dayanır.

Hangi Tekdüzen Hesap Planı hesabının kullanılacağı konusunda ise uygulamada farklı tercihler bulunur; bu yazıda tek bir hesap kodu önermiyoruz. Bunun yerine şu yaklaşım sağlıklı olur:

• Hesap tercihini müşterinin mevcut hesap politikası, varsa bağımsız denetçisi ve vergi danışmanıyla birlikte belirleyin.
• Karşı kaydın nasıl yapılacağını ve yatırım sonrasında geçici hesabın nasıl izleneceğini aynı notta tanımlayın.
• Seçilen yöntemi yıllar arasında tutarlı uygulayın ve bir muhasebe politikası notuyla dosyaya ekleyin.

Alınan GSYF paylarının sonraki dönemlerde vergi açısından nasıl ele alınacağı da müşteriye anlatılmalıdır. 7524 sayılı Kanun ile 1 Ocak 2025'ten itibaren elde edilen kazançlara uygulanmak üzere, tam mükellef kurumların GSYF katılma paylarından elde ettikleri kâr payları, bu payların fona iadesinden doğan gelirler ve VUK md. 279 kapsamında değerlemeden doğan değer artışları KVK md. 5/1-a kapsamında kurumlar vergisinden istisnadır. Asgari kurumlar vergisi hesabındaki etkisi şirket bazında ayrıca kontrol edilmelidir.

Zorunlu %3 yatırımının aynı zamanda KVK md. 10/1-g girişim sermayesi fonu indirimi kapsamında değerlendirilip değerlendirilemeyeceği tartışmalıdır; 2026'da bazı vergi dairelerinin aynı yatırımı iki uygulamada birden kullanan mükellefleri beyanname düzeltmeye yönlendirdiği kamuoyuna yansıdı. Kayıtlarda iki uygulamayı ayrı izlemek ihtiyatlı bir yaklaşımdır. Bu konuyu uygun yatırım araçları yazımızda ayrıca ele aldık.

Dosyada hangi belgeler bulunmalı?

Denetimde yükümlülüğün yerine getirildiğini gösteren eksiksiz bir dosya, tutarın doğru hesaplandığını, süresinde yatırıldığını ve doğru araca yönlendirildiğini birlikte kanıtlamalıdır. Aşağıdaki liste bir başlangıç noktasıdır:

Sık yapılan hatalar nelerdir?

En sık hatalar tabanın yanlış belirlenmesi, tutarın gider yazılması ve yatırımın yıl sonuna bırakılmasıdır. Eylül 2026 itibarıyla müşteri dosyalarında öne çıkan riskler şunlardır:

• Eşiği önceki dönemlerin tutarlarıyla kontrol etmek; güncel eşik 10803 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile 5 milyon TL'dir.
• Personel stopaj teşviki gibi destekleri tabana eklemek ya da %3'ü yalnızca eşiği aşan kısma uygulamak.
• Ayrılan tutarı gider olarak kaydetmek.
• Geçici hesabı açıp yatırımı takip etmemek; yatırılmayan tutar, yararlanılan indirim veya istisnanın %20'sinin kapsam dışında kalmasına yol açar ve ilgili vergi, vergi ziyaı cezası uygulanmaksızın gecikme faiziyle tarh edilir.
• Taahhüt ve çağrı yapısı kullanan fonlarda taahhüt edilen tutarı ödenmiş saymak; yıl sonuna kadar hangi tutarın fiilen yatırılmış sayılacağını fon yöneticisi ve müşteriyle netleştirin.
• Zarar beyan eden veya indirimini sonraki yıla devreden müşterilerde genel bir kural uygulamak; bu durumlar özel değerlendirme gerektirir ve GİB'in bu konuda özelgeleri bulunur.

Müşteriye nasıl bir uyarı e-postası gönderilebilir?

Etkili bir uyarı e-postası kısa olmalı ve dört bilgiyi içermelidir: yararlanılan tutar, hesaplanan yükümlülük, son tarih ve yatırım yapılmazsa doğacak sonuç. Aşağıdaki örnek metni müşterinize göre uyarlayabilirsiniz:

Konu: Ar-Ge %3 yatırım yükümlülüğü, son tarih 31 Aralık 2026

Sayın [Yetkili Adı],

[Şirket Unvanı] 2025 yılı beyannamesinde [Ar-Ge ve tasarım indirimi / teknokent kazanç istisnası] olarak [tutar] TL'den yararlanmıştır. Bu tutar 5 milyon TL ve üzerinde olduğundan, %3'ü olan [tutar] TL'nin en geç 31 Aralık 2026'ya kadar girişim sermayesi yatırım fonu (GSYF) payı alımına, girişim sermayesi yatırım ortaklığı (GSYO) sermayesine veya kuluçka merkezlerindeki girişimcilere sermaye olarak yatırılması gerekmektedir.

Süresinde yatırım yapılmazsa yararlanılan tutarın %20'si kapsam dışında kalır ve ilgili vergi, vergi ziyaı cezası uygulanmaksızın gecikme faiziyle tarh edilir.

Yatırım yolunu, yönetim kurulu kararını ve ödeme takvimini planlamak için önümüzdeki günlerde kısa bir görüşme öneriyorum.

Saygılarımla, [Ad Soyad], [Unvan]

Metinde kesin tutarları yalnızca hesaplamayı teyit ettikten sonra kullanın. Yükümlülüğün genel çerçevesini müşterinizle paylaşmak isterseniz Ar-Ge %3 yatırım yükümlülüğü rehberimizi ekleyebilirsiniz.

Mali müşavirler Letven Capital ile nasıl çalışabilir?

Letven Capital Girişim Sermayesi Portföy Yönetimi A.Ş., SPK'dan faaliyet izinli bir girişim sermayesi portföy yönetim şirketidir; fonları KAP'ta listelenir. Müşterinizin yükümlülüğünü birlikte değerlendirebilir, yatırım tarafındaki adımları sizin belirlediğiniz takvime göre yürütebiliriz.

Fon içtüzüğü, ihraç belgesi, nitelikli yatırımcı süreci ve ödeme sonrası pay teyidi gibi dosyaya girecek belgeleri düzenli biçimde sağlayabiliriz. Letven'in teknoloji alanındaki yeni fonları CODE, GENIUS, SOFA ve PREO GSYF'leri, yükümlülüğünü yapay zekâ ve teknoloji girişimlerine yönlendirmek isteyen müşterileriniz için değerlendirilebilecek

seçenekler arasındadır. Vergi ve muhasebe kararları sizin ve müşterinizin sorumluluğunda kalır. Müşterinizin yükümlülüğünü birlikte değerlendirelim.

Sık Sorulan Sorular

Geçici hesap için hangi hesap kodu kullanılmalı?

Bu konuda uygulamada farklı tercihler bulunduğundan tek bir hesap kodu önermek doğru olmaz. Hesabı müşterinin hesap politikası, varsa bağımsız denetçisi ve vergi danışmanıyla birlikte belirlemek, seçilen yöntemi yıllar boyunca tutarlı uygulamak ve bir politika notuyla belgelemek en sağlıklı yaklaşımdır. Önemli olan, tutarın pasifte ayrı ve izlenebilir biçimde görünmesidir.

%3 tutarı gider olarak yazılabilir mi?

Hayır; ayrılan tutar gider değildir, bilançoda pasifte geçici bir hesapta izlenir ve kanunda sayılan yatırıma dönüştürülür. Yatırım yapıldığında alınan GSYF payları aktifte finansal varlık olarak yer alır. Gider kaydı, hem yükümlülüğün izlenmesini zorlaştırır hem de denetimde sorun yaratabilir. Hatalı bir kayıt fark edilirse düzeltmeyi yıl kapanışından önce yapın.

Müşterinin kapsamda olup olmadığını nasıl hızlıca kontrol ederim?

Müşterinin 2025 yılı beyannamesinde Ar-Ge/tasarım indirimi veya teknokent kazanç istisnası kullanıp kullanmadığına bakın. Yararlanılan tutar 5 milyon TL ve üzerindeyse müşteri kapsamdadır ve %3 tutarını 31 Aralık 2026'ya kadar yatırması gerekir. Eşiğin altındaysa bu dönem için yükümlülük yoktur; ancak 2026 tutarını izlemeye devam edin.

Zarar eden veya indirimini devreden müşteride ne yapılmalı?

Zarar beyan eden veya indirimini sonraki yıla devreden mükelleflerin durumu özel değerlendirme gerektirir ve genel bir kural koymak doğru olmaz. GİB'in bu konuda özelgeleri bulunur. Müşterinin somut durumunu bu özelgeler ışığında inceleyin, gerekirse görüş alın ve vardığınız sonucu gerekçesiyle birlikte dosyada belgeleyin.

Yatırımın yapıldığını denetimde nasıl gösteririz?

Beyanname, hesaplama çalışma kâğıdı, geçici hesap kaydı, yönetim kurulu kararı, fon belgeleri, sözleşme, ödeme dekontu ve pay teyidi aynı dosyada bulunmalıdır. Vergi Denetim Kurulu bu yükümlülüğü denetimde risk başlığı olarak ele aldığından, dosyanın tarih sırasına göre düzenlenmesi incelemeyi kolaylaştırır. Dosyanın bir kopyasını müşteriyle de paylaşın.

Kaynaklar ve mevzuat

• 5746 sayılı Araştırma, Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun, md. 3
• 4691 sayılı Teknoloji Geliştirme Bölgeleri Kanunu, ek md. 3
• 7263 sayılı Kanun (Resmî Gazete, 3 Şubat 2021)
• 10803 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı (Resmî Gazete, 31 Aralık 2025, 33124 sayılı 5. mükerrer)
• 7524 sayılı Kanun; Kurumlar Vergisi Kanunu md. 5/1-a ve md. 10/1-g
• Vergi Usul Kanunu md. 279 ve md. 325/A
• SPK III-52.4 sayılı Girişim Sermayesi Yatırım Fonlarına İlişkin Esaslar Tebliği
• Resmî kaynaklar: mevzuat.gov.tr, resmigazete.gov.tr, gib.gov.tr, kap.org.tr

Yasal uyarı: Bu içerik genel bilgilendirme amacıyla hazırlanmıştır ve yatırım danışmanlığı kapsamında değildir. Girişim sermayesi yatırımları yüksek risk içerir ve yatırılan sermayenin bir kısmı veya tamamı kaybedilebilir. Vergi uygulamaları mükellefin durumuna göre değişebilir ve mevzuat değişikliklerine tabidir; karar vermeden önce mali müşavirinize ve Letven Capital uzmanlarına danışın. Bilgiler Eylül 2026 itibarıyla günceldir.